Biết tin Mạc Mậu Hợp thua trận, Mạc Ngọc Liễn bèn bỏ trốn, mưu lập tông thất nhà Mạc nối dõi khôi phục. Tháng 3 năm 1593, ông gặp được con Khiêm vương Kính Điển là Mạc Kính Cung ở Văn châu, bèn lập làm vua, lấy niên hiệu là Càn Thống[5].

Lúc đó nhân tâm phía bắc còn nhớ nhà Mạc nên nhiều vùng Hải Dương, Kinh Bắc, Thái Nguyên sau khi thất thủ lại nhanh chóng quy phục vua mới họ Mạc. Họ Mạc mang quân về đánh tới, lấy lại bờ bắc sông Hồng[5].

Ngày 21 tháng 3 năm 1593, Trịnh Tùng lại điều quân đi đánh. Các con Ngọc Liễn là Lập quận công, Đông Sơn hầu và Phù Cao hầu (Sử không chép rõ tên) thua trận đầu hàng nhà Lê, đến tháng 7 năm này lại trốn về theo Mạc. Lập quận công trốn không thoát bị giết[5].

Tháng 1 năm 1594, Mạc Ngọc Liễn mang Mạc Kính Cung chạy về An Bắc[6].

Tháng 2 năm 1594, Trịnh Tùng sai Hoàng Đình Ái đánh tới, quân Mạc thua trận. Mạc Ngọc Liễn cùng Kính Cung bỏ chạy sang phủ Tư Minh ở nhờ đất nhà Minh[6].